Sie befinden sich hier: Die geförderten Projekte > Die geförderten Projekte 2012 > Untersuchung zur Ätiologie pulmonaler Infektionen nach Stammzelltransplantation

„Untersuchung zur Ätiologie pulmonaler Infektionen nach Stammzelltransplantation mittels Next Generation Sequencing (NGS)“

Projektleiter: PD Dr. Holger Georg Rohde

Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene des Universitätsklinikums Hamburg-Eppendorf

Pulmonale  Infektionen, insbesondere durch Schimmelpilze, stellen weiterhin eine bedeutende, zum Teil tödliche Komplikation bei Patienten nach Stammzeltransplantation dar. Problematisch ist insbesondere, dass die ursächlichen Pathogene mit den derzeitigen Methoden nur schlecht detektiert werden. Da der Nachweis der kausalen Pathogene von zentraler Bedeutung für ein adäquates antiinfektives Patientenmanagement ist, besteht ein hoher Bedarf an neuen Erkenntnissen hinsichtlich der beteiligten Pathogene wie auch neuer Nachweisverfahren. Durch Hochdurchsatzsequenzierungsverfahren/NGS ist es möglich, bei entsprechender Aufarbeitung der Proben (Anreicherung bakterieller bzw. Pilz-DNA, hoher Sequenztiefe, bioinformatischer Auswertung) hypothesenfrei Erregersequenzen nachzuweisen. Folglich ist es möglich, neue Hypothesen zur infektiologischen Ätiologie von bis dahin unklaren Pneumonien aufzustellen. Mittelfristig können neue, aus PCR und Amplikonsequenzierung bestehende Tests zum schnellen, kulturunabhängigen Nachweis relevanter Pneumonieerreger entwickelt werden, wodurch das Management von HSCT- (Hematopoietic Stem Cell Transplantation) Patienten signifikant verbessert werden kann. In diesem Projekt soll daher zunächst eine Sammlung von 150 DNA Präparationen aus bereits konventionell charakterisierten BAL Flüssigkeiten, die bei Patienten nach HSCT gewonnen wurden, mittels NGS untersucht werden. Hierbei wird die Darstellung von Bakterien- und Pilz-spezifischen Sequenzen nicht nur die Beschreibung des pulmonalen Mikrobioms ermöglichen, sondern auch erste Erkenntnisse bezüglich Pneumonieverursachender Pathogene erbringen.  Um diese Informationen in einen übergeordneten Kontext einzuordnen, sollen zusätzlich prospektiv BAL Proben von (A) Patienten mit mikrobiologischem Nachweis eines Erregers mit bekannter Relevanz als Pneumonieerreger, (B) Patienten mit klinischen Zeichen einer Pneumonie, jedoch ohne Nachweis eines kausalen Agens und (C) Patienten ohne Hinweis auf das Vorliegen einer infektiösen Lungenerkrankung untersucht werden. Durch die Betrachtung der Spezies- (Muster), die exklusiv bei Patienten mit Infektionen oder ohne Infektion nachgewiesen werden, können mögliche pathogene, protektive oder klinisch wenig relevante Spezies- (Kombinationen) beschrieben werden. Durch eine weitere Hierarchisierung dieser Einteilung anhand klinischer Parameter (z.B. CT-Befunde, serologische Entzündungsparameter) und durch Integration der mikrobiologischen Ergebnisse wird es möglich sein, konkrete Hypothesen zur pathologischen Relevanz des Nachweises distinkter Spezies oder Spezieskombinationen aufzustellen, die dann in der Etablierung optimierter diagnostischer Verfahren und Algorithmen resultieren. Die hierdurch verbesserte ätiologische Klärung einer pulmonalen Infektion ist bei Patienten nach HSCT im Hinblick auf die Möglichkeit zur Einleitung einer gezielten, optimierten antimikrobiellen Therapie von entscheidender prognostischer Bedeutung.

zurück zu den geförderten Projekten

© 2019 Gilead

Privacy Settings